本研究旨在通过对内蒙古（二狼山型）白绒山羊进行群体结构分析，了解该种群的遗传多样性，为更好地保护和利用这一重要地方种质资源提供理论指导。研究基于425只内蒙古（二狼山型）白绒山羊的基因组数据，综合分析群体遗传多样性、种群结构、长纯合片段（ROH）分布特征以及亲缘关系。结果显示，内蒙古（二狼山型）白绒山羊有效群体含量为32.5，多态标记比例为0.988，期望杂合度和观测杂合度分别为0.444和0.453，说明该群体的遗传多样性较好。检测到421个ROH，其中ROH长度大于20 Mb的数量最多，占比51.92%。该群体基因组近交系数为0.007 6，说明内蒙古（二狼山型）白绒山羊群体间近交程度相对较低。结合亲缘关系分析和聚类分析结果发现，现有群体可以划分为20个家系。综上所述，内蒙古（二狼山型）白绒山羊群体结构相对较好。本研究结果为未来内蒙古（二狼山型）白绒山羊保种、选育及选配方案的制定奠定了基础。