从古至今，马在人类社会发展中发挥着重要作用，家马起源和驯化的相关研究也倍受关注。Y染色体是进行父系起源、雄性特异性状相关研究的重要载体，对于马的育种也有着重要意义。但Y染色体结构的特殊性是该领域研究的主要难点之一。随着组学技术的发展，马Y染色体组装、多态性研究以及公马特异组织的转录组分析等研究已有较大进展。本文主要对马Y染色体结构、序列组装、多态性及睾丸转录组研究进展进行了综述，并对领域未来的研究方向进行展望，以期为马的父系起源进化及马种质资源的保护与开发利用提供参考。