承德无角山羊作为优良地方种质资源，具有适应性强、抗病力强等特性。本研究基于全基因组重测序解析承德无角山羊的遗传特征，挖掘和分析承德无角山羊的SNP和InDel突变位点。结果显示，基因间隔区SNP和InDel变异最多，其次位于内含子区，而在CDS区的变异位点较少。共鉴定出134068个非同义突变SNP和4051个编码区InDel位点；进一步分析发现，非同义突变SNP所在基因主要富集在嗅觉转导、单纯疱疹病毒1感染、补体和凝血级联、ECM与受体的相互作用和造血细胞系等途径；CDS区的InDel位点主要富集在蛋白偶联受体信号、嗅觉感知、质膜和自然杀伤细胞介导的细胞毒性等通路。本研究为承德无角山羊重要经济性状候选基因预测及遗传进化分析提供了理论基础，有利于进一步保护和利用该种质资源。