本研究旨在建立加速我国奶牛核心种源自主培育、稳定奶业可持续发展的胚胎基因组选择技术。研究选择荷斯坦牛胎儿成纤维细胞作为实验材料，对起始细胞量、全基因组扩增方法、基因型填充方法进行探究，以寻找组合最优解。结果表明，使用多重置换扩增（Multiple Displacement Amplification,MDA）和多次退火环状循环扩增（Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles,MALBAC）2种全基因组扩增方法，起始细胞量为1、5或10时，得到的基因组浓度和纯度都较好；起始细胞量为5，使用MDA进行全基因组扩增，其芯片检出率可达93%以上，基因型一致性为92.45%，已经基本可以代替大量细胞进行基因分型。通过基因型一致性、填充准确性及三类错误率对Beagle、Minimac和Impute 3种基因型填充方法进行比较，结果证明Beagle是对于起始细胞量为5，使用MDA扩增得到的基因组的最优填充方法。最后，采用荷斯坦牛的耳组织及其相应分离获取的5细胞作为研究模型，使用MDA进行全基因组扩增，Beagle进行基因型填充，...