为分析川南黑山羊保种群的遗传结构，本研究使用山羊65K SNP芯片对289只川南黑山羊（40只公羊和249只母羊）进行了单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）测定，通过Plink（V1.90）、GCTA（V1.94）、MegaX（V10.0）和R软件对川南黑山羊保种群体的遗传结构及近交程度进行分析。结果表明，289只川南黑山羊保种群体的多态标记比例（Proportion of Polymorphic Marker,PN）为87.6%；有效群体含量（Effective Population Content,Ne）、多态信息含量（Polymorphism Information Content,PIC）、最小等位基因频率（Minor Allele Frequency,MAF）分别为22.5、0.285、0.261；观察杂合度（Observed Heterozygosity,Ho）、期望杂合度（ExpectedHeterozygosity,He）分别为0.363、0.366；群体平均遗传距离为0.291，基于ROH的平均近...