为了解信阳水牛的种质资源现状，本研究利用全基因组重测序技术，对30头信阳水牛基因组遗传多样性、群体遗传结构和连续纯合片段（Runs of Homozygosity,ROH）等指标进行分析，评估其保种效果。结果如下：信阳水牛遗传多样性丰富，最小等位基因频率为0.195，平均多态信息含量为0.277，平均期望杂合度为0.280，平均观察杂合度为0.269，平均核苷酸多样性为2.586。家系分析将30头信阳水牛分为6个家系；30头信阳水牛个体共检测到3578个ROH，长度在0～0.5Mb的ROH片段占比最多，基于ROH值计算的群体近交系数范围介于0.000 4～0.091 9，平均近交系数为0.020 1。综上，信阳水牛群体遗传多样性较为丰富，整体上保持了较低的近交水平，保种效果良好，建议后续适当引入新血缘与少数高近交水平个体交配。