本研究在课题组前期关于驴体尺性状全基因组关联分析的基础上，探索候选基因ZBTB4在不同驴群体中的遗传多态性，并与体尺性状进行关联分析，寻找与驴体型大小显著相关的分子遗传标记，为驴的专门化品种培育提供参考。试验共挑选阳原驴、广灵驴和新疆驴3个中国地方驴品种以及1个未鉴定的小体型驴品种，总计340头成年母驴作为研究对象，通过PCR扩增ZBTB4基因外显子及周围部分序列，通过测序结果寻找单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP）位点，并将SNP位点的基因型与驴体尺性状进行关联分析。结果表明：在ZBTB4基因第2内含子（rs1：14342082A>G）和第4外显子（rs2：14345176A>G）上共发现了2个SNP位点。通过对SNP位点与试验驴体尺性状关联分析发现，2个SNP位点的基因型与驴体型大小显著相关，即不同基因型在体高、体长、胸围、管围4种性状上存在显著差异。其中，AA基因型个体的体尺数据显著高于GA和GG基因型，GA基因型个体显著高于GG。综上，ZBTB4基因的2个SNP位点（rs1：14342082A>G，rs2：14345176A>G）可作为驴体尺性状的分子遗传标记，为驴的分子育种和品种选育提供理论支持。